在进行论文查重修改后，重复率却变得更高了。这种情况的出现，可能有以下几个原因。

首先，查重系统的算法和规则可能会对修改后的文本产生不同程度的影响。有些查重系统会将相似度高的词语或短语视为重复，而这些相似度高的内容可能是在修改后的过程中不能避免的。因此，即使作者在进行修改时刻意避免重复，但由于查重系统的算法问题，重复率仍然会上升。

其次，在进行修改时可能会过度依赖于某些文献或者引用。尽管在修改过程中进行了必要的改编和重构，但是如果沿用了大量的原文段落或者句子，这些引用也会被查重系统视为重复内容，从而导致重复率的上升。

此外，修改后的文本可能存在逻辑结构的混乱。作者在修改论文时，可能会增加、删除或调整文章中的段落和句子，但在这个过程中往往难以保持原文的逻辑结构。查重系统可能会将这种逻辑结构的变化视为重复内容，导致重复率增加。

针对上述问题，可以采取一些措施来降低修改后的重复率。首先，可以尝试使用不同的查重系统进行检测，以对比不同系统的检测结果，找出可能存在的算法差异。其次，在修改过程中，避免过度依赖原文的引用内容，尽量进行改写和重构。最后，在修改后的论文中，保持逻辑结构的连贯性，避免段落和句子的混乱。通过这些措施的有效实施，可以显著降低修改后的重复率，确保论文的原创性和学术诚信。

因此，我们在进行论文修改时，应当注意以上问题，有针对性地进行调整和改进，以确保最终的论文查重结果符合学术要求。这对于维护学术界的诚信和促进学术交流具有重要意义。