知网论文查重系统对论文的查重是基于文本内容的，而不是基于PDF文件的章节划分。因此，即使PDF章节不对，只要文本内容没有被改变，论文查重的结果仍然是准确的。所以，在论文查重结果出来之前，不必过于担心PDF章节不对的问题。其次，如果老师或评审机构在审阅论文时需要按照PDF章节来进行查重监测，可以采取以下几种方式来解决问题。

一是将PDF格式的论文转换为Word格式，然后进行查重。有许多在线工具或软件可以将PDF转换为Word文档，可以选择其中一个工具来进行转换。转换完成后，再使用知网论文查重系统进行查重，这样就避免了PDF章节不对的问题。二是在PDF文件中标记出正确的章节，然后将标记好的PDF文件一同提交给老师或评审机构。标记PDF文件的方法有很多种，可以使用专业阅读软件或在线编辑工具等。通过标记出正确的章节，可以让老师或评审机构更方便地按照章节进行查重监测。三是向老师或评审机构解释PDF章节不对的原因，并提供文本内容与查重结果的一致性证明。可以在论文提交时写一封简短的说明信，解释PDF章节不对的原因，同时附上文本内容与查重结果的一致性证明。这样一来，老师或评审机构可以更全面地了解情况，并对论文进行全面的评估。

总而言之，对于知网论文查重系统中PDF章节不对的问题，我们不必过于担心，只要文本内容没有改变，查重结果仍然是准确的。同时可以采取转换格式、标记章节或解释情况等方法来处理这个问题，以确保论文查重的顺利进行。